法定职责：新《税收征管法实施细则》第九条明确了稽查局的法定职责，即：稽查局专司偷税、逃避追缴欠税、骗税、抗税案件的查处。

授权职责：国家税务总局根据《税收征管法实施细则》第九条的规定，于2003年12月2日印发了《国家税务总局关于进一步加强税收征管基础工作若干问题的意见》（国税发[2003]124号），该文件明确了专项检查部署由稽查局负责牵头统一组织。这就是稽查局的授权职责。

   国家税务局稽查局的主要职责：2004年9月3日国家税务总局关于印发《关于进一步规范国家税务局系统机构设置明确职责分工的意见》的通知(国税发〔2004〕125号)对国家税务局稽查局的职责进一步进行细化和明确为：

1、组织贯彻税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；

2、负责稽查选案、检查等工作；

3、负责税收举报案件的受理、上级交办、转办及征收管理部门移交的有关税务违法案件的查处工作；

4、负责上级稽查局对稽查情况进行复查复审工作的组织与配合；

5、负责与公安、检察、法院协调税务稽查中的司法工作，对涉嫌犯罪的案件，税务机关除依法进行行政处理（处罚）外，要严格执行国务院《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》及相关法律、行政法规，及时移送公安机关处理；

6、负责增值税专用发票和其他抵扣凭证涉税问题稽查和协查工作；

7、牵头组织税收专项检查和整顿规范税收秩序工作。

    上级稽查局对下级稽查局的执法办案进行指挥协调。稽查局要加强与政策法规、征收管理部门之间的相互配合；建立稽查执法办案责任制、税收违法案件首查责任制等相关制度。对稽查案例进行深入剖析，发现征收、管理等环节存在的问题，及时反馈税款征收和税源管理部门；发现税法、税收政策方面存在的问题，及时反馈给政策法规部门。