果洛州国家税务局为正处级机构，内设七个行政科室：办公室、人事教育科、监察室、政策法规科、征收管理科、税政管理科、计划财务科。直属机构——稽查局，事业单位——信息中心。下辖六个县局：玛沁县国家税务局，玛多县国家税务局、达日县国家税务局、班玛县国家税务局、久治县国家税务局、甘德县国家税务局，其中：玛沁县国家税务局为全职能机构，其他五县局为非全职能机构，只负责税款征收，经费实行报帐制。

全州共管理纳税户777户，其中企业67户（一般纳税人企业4户，小规模纳税人47户，金融企业16户），个体工商户710户。2004年全州共组织完成税收收入565万元，完成年度计划的104.63%，其中增值税收入为481万元。2005年度全州的税收任务为580万元。2006年度全州的税收任务为960万元。