玉树州国家税务局隶属于青海省国家税务局，为正处级机构。州局内设7个行政科（室）：办公室、人事教育科、监察科、政策法规科、征收管理科、税征管理科、计划财务管理科、计划统计科，规格均为正科级。设直属机构1个：稽查局，其规格为正科级。稽查局内设4个科，即综合科、检查科、审理科、执行科，规格为副科级，实行一级稽查。州局下设玉树、囊谦、杂多、治多、称多、曲麻莱6个县局。

    目前,全州国税系统共管理纳税户1273户,其中,企业49户,个体工商户1224户.2004年完成税收收入932万元,完成年度计划的110%,2006年全州的税收任务是1400万元。